Esposado, Flores fue llevado a una celda de la División Antinarcóticos (DAN) de la Policía Nacional Civil (PNC) en un vehículo policial que partió de su vivienda custodiado por decenas de miembros de este cuerpo. 

El subdirector de la PNC, Howard Cotto, custodió personalmente a Flores en su salida de la casa y a bordo del vehículo hasta su ingreso en la DAN.

El exmandatario deberá permanecer en detención provisional en la celda de la DAN, mientras se desarrolla el proceso en su contra, aunque su defensa aún puede recurrir y pedir que se le restablezca el arresto domiciliario, según fuentes judiciales.

La Fiscalía salvadoreña acusó a Flores el 30 de abril pasado de peculado y enriquecimiento ilícito por 15 millones de dólares, recibidos como una ayuda de Taiwán a su Gobierno.