La AGECI fue creada el 30 de octubre del 2007 mediante decreto 699 como eje principal del Sistema Ecuatoriano de Cooperación Internacional (SECI). El nuevo ente se encargará de implementar las estrategias generales de cooperación internacional e instrumentar la gestión del SECI y asegurar que los programas y proyectos financiados con recursos de cooperación internacional se adecuen a las necesidades de los planes y políticas de desarrollo del Gobierno. El principal propósito es que haya una "armonización" del sistema ecuatoriano de cooperación que implica una coordinación con las instituciones beneficiarias y agentes cooperantes. AGECI estará encargada de promover las políticas de cooperación internacional y velar por la distribución equitativa de los recursos e impulsa un seguimiento de los proyectos. Según Fander Falconí la intención es favorecer a los sectores que tradicionalmente e históricamente han recibido. Esta nuevo institución se crea en respuesta, según Falconí debido a que años tras años la utilización de los fondos de cooperación internacional, no obedecían a una planificación nacional y sin coherencia con la articulación a las metas nacionales.