Tres periodos marcan su vida: 20 años de trabajo docente en La Española (actual Rep. Dominicana), cinco años en Panamá ejerciendo el obispado después de su regreso del Perú y la última etapa de su vida desde su retorno a España en 1540 hasta su fallecimiento después de 15 años. 

En estos últimos años se convirtió en hombre de consulta por su sabiduría y experiencia.

Graves enfrentamientos tuvo que librar Fray Thomás de Berlanga con el Gobernador Francisco Pizarro en la ciudad de los Virreyes, Lima, al constatar los malos manejos  económicos y, especialmente, el aprovechamiento del oro y la plata producto del rescate de Atahualpa y demás hallazgos del codiciado metal y piedras preciosas –esmeraldas-encontradas en el Cuzco y otros lugares del imperio de los incas. 

Todos estos abusos fueron perpetrados por Pizarro en perjuicio de la Corona, que según las leyes de indias tenía derecho al quinto de todo lo encontrado en Perú.

Durante largo tiempo, Berlanga mantuvo una intensa comunicación epistolar directamente con el rey, así lo demuestran valiosos documentos que aún existen en el Archivo General de Indias. 

En 1540 fue llamado por la Corte para informar directamente sobre el cumplimiento de su misión en Lima. 

Por supuesto, Pizarro, lleno de soberbia y prepotencia, hizo caso omiso de todas las denuncias enviadas a España por el Obispo en cumplimiento de su difícil misión. 

Como dijimos anteriormente, Berlanga, al igual que el padre Bartolomé de Las Casas, tuvo la valentía de denunciar ante la Corona Española las atrocidades cometidas por los invasores en contra de los pacíficos nativos del Nuevo Mundo. 

Ellos, cegados por la ignorancia, el fanatismo y la ambición, llegaron a negar que el indio fuera un ser humano, afirmaban  que ellos no tenían alma y eran tratados como animales, como esclavos e instrumentos de explotación. Cuántos vejámenes, violaciones, torturas y asesinatos cometieron en nombre de la cruz y del Rey. 

Así se explica el hecho de que el Papa Francisco, en su reciente visita a Bolivia, pidió perdón en nombre de la Iglesia Católica por todos los crímenes cometidos por los invasores (conquistadores) ibéricos, con la anuencia o complicidad de religiosos como el cura Valverde, quien en Cajamarca ordenó la ejecución de Atahualpa, a pesar de haberles entregado las toneladas de oro y plata que exigían para liberarlo.