En el caso del río Portoviejo, una de las principales causas de contaminación proviene del  manejo inadecuado de los desechos de sus riberas por la agresión que sufre debido a las incontrolables descargas de basuras  en las zonas colindantes con las ciudades de Portoviejo y Santa Ana y múltiples descargas de agua residuales que van sin tratamiento alguno al río; siendo esto un asunto serio de máxima prioridad y de salud para sus habitantes habría que optar por un plan para su recuperación conformando en primer lugar una mancomunidad que involucre a los cantones afectados, estableciendo alianzas y estrategias entre estos municipios bajo el liderazgo del Gobierno Provincial de Manabí que ya está trabajando  en un proyecto de dragado que podría ser un inicio de la descontaminación total de la cuenca desde Poza Honda hasta la desembocadura de Crucita, acompañado también con un proyecto de reforestación para controlar la erosión y otros fenómenos destructivos en las riberas del río.

De ahí el rol del GAD Municipal de Portoviejo a futuro en operar en  base a programas de manejo ambiental e integral, organizando campañas de motivación y capacitación entre la población inmersa en este tema, para ayudar a las personas y grupos sociales a adquirir mayor sensibilidad y conciencia del medio ambiente priorizando la educación y cultura ambiental y a través de este mecanismo buscar educar a la ciudadanía en su conjunto,  la  cual en lo posible debe evitar y denunciar estas descargas directas de desechos sólidos y tóxicos al río además de reportar la calidad previsible de las descargas a la red de alcantarillado.