La planificación de los recursos hídricos es un tema que toma cada vez más importancia considerando que el agua es en una gran parte un recurso escaso por tanto es plenamente justificado cualquier esfuerzo para utilizarlo mejor y si es posible reutilizarlo, las unidades de planificación son en general los sistemas acuíferos para aguas subterráneas concepto equivalente a las cuencas hidrográficas para aguas superficiales; tanto la una como la otra están íntimamente relacionadas ya que son parte del mismo ciclo hidrológico mientras en forma natural en los ríos domina el flujo en los acuíferos domina el almacenamiento y ello tiene implicaciones fundamentales pues estos poseen una gran capacidad para amortiguar la variabilidad de aguas superficiales y los ciclos de sequias; las aguas subterráneas constituyen un importante recurso hídrico escondido en el subsuelo y accesible para explotación por medio de pozos, el manejo sostenible tiene como objetivo usar el agua del subsuelo de tal manera que se alcance un estado de equilibrio tanto en cantidad como en calidad y principalmente como amortiguador de sequias y de ahí la importancia de una gestión adecuada que permita preservar esos recursos para futuras generaciones.

La planificación y la toma de decisiones se han visto limitadas  por la falta de técnicas y conocimientos que permitan con un alto grado de certeza definir las características de los acuíferos considerando como un elemento del ciclo hidrológico con sus leyes particulares de funcionamiento, la capacidad natural de almacenamiento de los cuerpos de aguas subterráneas se pueden utilizar para amortiguar la variabilidad climática de los escurrimientos de los ríos y proporcionar así un abastecimiento de agua más confiable de menor costo y con mayor eficiencia.  Al pensarse en la planificación de recursos hídricos considerando las obras involucradas como represas, sistema de riego, sistema de abastecimiento de agua potable para citar solo algunos tienen un periodo de construcción de varios años y una vida útil  de algunos decenios  se debe pensar en una planificación de tipo estratégico de largo plazo con un plan de políticas de estado sustentable urgente y tender a establecer un equilibrio hidráulico con la estructuración de un plan integral que será el diagnostico e inventario de los recursos hídricos entre zonas favorables para la obtención de aguas subterráneas con recomendaciones sobre sitios y profundidades y por último el manejo de las cuencas hidrográficas que debe ser integral y contemplar  parámetros concernientes al suelo, agua y aire.<