Es considerado por muchos como el manabita y ecuatoriano más importante de la historia del país, por contribuir con reformas fundamentales para la consecución de las libertades en el país y por el impulso a obras que unieron a la nación y sentaron las bases para el desarrollo.
Este montecristense fue el líder de la llamada Revolución Liberal Ecuatoriana y Jefe del Gobierno por dos ocasiones. Alfaro fue uno de los grandes opositores del presidente conservador Gabriel García Moreno  y el 5 de junio de 1895 asumió como Jefe Supremo de Ecuador tras derrocar al mandatario interino Vicente Lucio Salazar.
Luego fue nombrado Presidente Constitucional.
Después de su primer gobierno, apoyó a su sucesor, Leonidas Plaza Gutiérrez, luego se distanciaron. Posteriormente con la llegada al poder de Lizardo García el 1 de enero de 1906 Alfaro fortaleció su oposición y 16 días después se proclamó Jefe Supremo, gobernando hasta 1911.

MUERTE DE ALFARO. Pocos días después de la muerte del Presidente Estrada, estalló en Guayaquil una revolución acaudillada por el general Pedro Montero y por muchos alfaristas. La revolución quedó vencida después de algunos combates muy sangrientos, que con intervalos se dieron en Huigra, Naranjito y Yaguachi. 
El general Leonidas Plaza, jefe de las fuerzas gobiernistas, ordenó la detención de Eloy y Flavio Alfaro, Pedro Montero y Ulpiano Páez,  además, de los liberales Medardo Alfaro, el periodista Luciano Coral y Manuel Serrano.
Luego fueron llevados a Quito donde el 28 de enero de 1912 una multitud de personas en Quito, influenciadas por placistas y conservadores, ingresaron a la cárcel donde estaban detenidos Alfaro, sus familiares, y amigos, y después de un linchamiento, arrastraron los cuerpos por las calles de Quito hasta donde hoy queda el parque El Ejido. En el lugar los incineraron.
Junto a Eloy Alfaro murieron (aunque no todos en el mismo día ni en el mismo lugar) Manuel Serrano, Flavio Alfaro, Ulpiano Páez, Luciano Coral, Pedro Montero, Medardo Alfaro, Belisario Torres, Luis Quirola.
Los restos de Alfaro fueron enterrados en Quito, en secreto, días después y luego trasladados a Guayaquil. Parte de las cenizas de Alfaro fueron exhumadas por orden del presidente Rafael Correa, y trasladadas con honores militares a Montecristi, sede de la Asamblea Nacional Constituyente de 2008, donde actualmente reposan en el museo de dicho lugar. <

»Alfaro fue elegido como el mejor ecuatoriano«

 Con 52.607 votos, enviados mediante mensajería celular en el 2005, el ex presidente de la República y héroe de la Revolución Liberal, general Eloy Alfaro Delgado, fue elegido El Mejor Ecuatoriano en el marco del proyecto educativo que impulsó Ecuavisa. La votación a favor del Viejo Luchador representó el 33,39% del puntaje total.

 Sufrió persecuciones, prisiones y destierros, pero siempre volvió para seguir con su ideal hasta que, el 5 de junio de 1895, Guayaquil se alzó en armas y lo llamó para que condujera los destinos del país. Fue justamente el triunfo de la Revolución Liberal que dio paso a la Presidencia de Alfaro, quien gobernó el país entre 1895 y 1901 y de 1906 a 1911.