Morales estaba siendo investigado por el presunto delito de tráfico de influencias y peculado, tras el sobreprecio en la compra de insumos médicos. Actualmente estaba libre con un grillete electrónico. También tenía prohibida la salida del país y debía presentarse periódicamente ante las autoridades. 

El pasado viernes se realizó una sesión extraordinaria del Consejo Provincial del Guayas para que se investiguen los contratos realizados por la prefectura y una posible destitución del prefecto. 

Carlos Luis Morales es también recordado como un destacado arquero profesional y comunicador social. El punto más alto de su carrera deportiva la vivió con Barcelona Sporting Club, siendo campeón en los años 1985,1987, 1989 y 1991. También estuvo en la Selección mayor de Ecuador.