Además defendió una polémica propuesta para excarcelar a políticos vinculados con paramilitares a cambio de que confiesen la verdad y queden inhabilitados para ser elegidos, y lo definió como un mecanismo para buscar la paz. Esta propuesta, que debe ser tramitada a través de un proyecto de ley en el Congreso, desató una polémica y fuertes críticas de la oposición, que lo acusó de buscar la excarcelación de sus aliados políticos acusados de nexos con los paramilitares de ultraderecha. Uribe descartó la posibilidad de que la iniciativa sea aprobada a través de un referendo, como lo planteó el procurador general, Edgardo Maya, ante el aparente impedimento de varios legisladores al parecer con nexos con paramilitares. El presidente admitió que la iniciativa beneficiaría a políticos, pero también a ganaderos y a empresarios, acusados recientemente por ex comandantes paramilitares de haber apoyado esos escuadrones en su lucha contra la guerrilla izquierdista. La controversia se produce cuando Colombia está sacudida por la peor crisis política en su historia reciente por los supuestos nexos de congresistas, alcaldes, gobernadores y antiguos funcionarios del Estado con esos escuadrones.