La batalla ocurrió entre las playas del cantón Jaramijó y de la parroquia Crucita. Cuenta la historia que la madrugada del 5 de diciembre de 1884 varios barcos de los conservadores anclaron cerca de la ensenada de Charapotó para tomar a los rebeldes liberales por asalto. 

Los manabitas, comandados por Alfaro, iban en el barco Alajuela, y se hallaban preparados para la batalla. Eloy Alfaro, al ver el barco Santa Lucía, ordenó el ataque. Pero los rivales rehusaron el encuentro, y continuaron su camino hacia Manta. Los liberales los siguieron y al alcanzarlos los atacaron, pero sus oponentes aprovecharon para abordar el Alajuela y así dar inicio a un enfrentamiento. La tripulación del Alajuela tenía 72 personas.

Según relatos de aquella época, los conservadores usaban cañones, mientras que los liberales se defendían con fusiles. Las crónicas relatan que Alfaro prefirió incendiar su navío antes que dejarlo en poder del enemigo y que de esta manera llegó nadando a Jaramijó.