En Manabí, existen más de 10 cantones con áreas silvestres protegidas y reservas ecológicas, una de ellas es Machalilla, que  es el único parque nacional de la Costa. Éste se encuentra ubicado en el extremo sur de Manabí y fue creado en 1979. Tiene una extensión de más de 59 mil hectáreas, tanto de área terrestre como marina.
Sólo en el 2010, el parque Machalilla recibió 52.000 visitantes y para el 2011 casi duplica esta cifra alcanzando los 92.000 turistas.
Otras de las reservas reconocidas es la Isla Corazón, considerada como un refugio de vida silvestre. Allí hay un sendero construido en medio de los mangles en el que los guías nativos interpretan la vida del manglar, sus especies de flora, crustáceos, moluscos, peces y demás microorganismos que hay en el lugar.
Ramón Cedeño, ambientalista de Bahía de Caráquez, mencionó que el ecoturismo tiene mucha relación con el cuidado del medio ambiente, actividad que atrae a propios y extraños, quienes pagan por recorrer las extensas zonas por su biodiversidad, dijo.
Detalló que a través de organismos internacionales se realizan pasantías donde con estudiantes, quienes realizan actividades de germinación, trasplantación, transporte y reforestación de las especies nativas.
Marcelo Luque, propietario de la Reserva Ecológica Cerro Seco, expresó que su actividad inició en 1996, pero a raíz de que a Bahía se la reconoce como Ecociudad (1 febrero de 1999), se generaliza el interés por el ecoturismo en Manabí.
Luque señaló que en Cerro Seco se puede recorrer el sendero del Bálsamo que tiene una distancia de 50 kilómetros por la playa hasta San Clemente, donde se disfruta de la variedad del avistamiento de aves, manglares, minas de sal, humedales, entre otros, o simplemente sirve para realizar una ecocaminata.<