Mientras eso ocurría en la región, en el Ecuador se ha legislado poco o casi nada para el sistema portuario, así desde el año 1976 se encuentran en vigencia la Ley General de Puertos y la Ley de Régimen Administrativo Portuario Nacional (ésta última define la conformación de los directorios de las AP), ambas dictadas por el Consejo Supremo de Gobierno, dos cuerpos legales incompletos para un mismo sector, sin que desde esa fecha se hayan reformado o sustituido con una Ley de puertos, pese a los cambios en la económica global y en la realidad del negocio naviero y portuario.
Continuando con esa misma ilógica actuación del Estado, se expide el Reglamento General  de la Actividad Portuaria en el Ecuador en Junio del 2000, cuyo objetivo era la delegación al sector privado. Pareciera que fue más fácil pretender “modernizar” el sistema portuario nacional con un decreto ejecutivo y no con una Ley, que hubiese sido lo correcto.
Con la expedición de los decretos ejecutivos N. 08 de enero del 2007, y 1111 de mayo del 2008, se dividió el control portuario del control marítimo, con competencias para la Subsecretaría de Puertos y DIRNEA, respectivamente. Urge también una reforma al Código de Policía Marítima (1960), hoy desactualizado. 
Es necesario que el Ecuador cuente con una Ley de Transporte Marítimo y Fluvial o una ley de puertos, unificando una desperdigada trama de regulaciones administrativas del CNMMP y de la otrora DIGMER que son contradictorias en algunos casos y obsoletas en otros, excluyendo contribuciones lesivas a la competitividad de nuestros puertos, (tasas de faros y boyas, contribuciones a entes públicos, etc.);  es decir, un marco legal que responda a las necesidades de los actores del negocio y de la dinámica de los mercados, sobre la visión de Puertos al servicio del desarrollo de la industria y el comercio, dinamizadores de la economía de un país e interfaz del movimiento de carga. Las soluciones deben ser integrales y no de remiendos.  <