En la Comisión Nacional para la Erradicación de la Fiebre Aftosa CONEFA, hay preocupación, Rubén Párraga el coordinador provincial dijo que el Gobierno dio un ultimátum que si no se completa un buen porcentaje de vacunación, se quitaría el subsidio a las vacunas. Actualmente cada vacuna le cuesta al ganadero 30 centavos pero su valor real es 60 centavos o más, la diferencia lo subsidia el Gobierno. Párraga señaló que en el Ministerio de Agricultura, Manabí aparece como una provincia con baja cobertura de vacunación; en el año 2005 se declaró una cuarentena en la provincia por un brote de la enfermedad. El hato ganadero de la provincia, según un censo del 2001 es de 740.000, reses pero en la práctica son muchas más porque cada año crece la población bovina, el Estado aspira a que se vacunen la 740.000 reses ya que en los próximos años debe cumplir metas que impone al Panaftosa que es un organismo a nivel de Latinoamérica. Para evitar que los ganaderos evadan su responsabilidad, La Federación de Ganaderos del país solicitó la colaboración del Ministerio de Gobierno para que asigne policías y se obligue a vacunar a quiénes tradicionalmente no lo hacen y están identificados pero ni al CONEFA ni el Servicio de Sanidad Animal, SESA los sancionan cada año. Otra posibilidad es aplicar el fusil sanitario que consiste en sacrificar al animal que se enferme con aftosa.