Para el descolorido Boca Juniors marcaron Hugo Ayala (m.36), en propia meta, y el defensa paraguayo Luis Cáceres (m.75) en un choque en el que Juan Román Riquelme, la estrella de la formación argentina, apenas si pudo moverse aquejado por una lesión. Antes de que Riquelme ensayara la primera jugada ofensiva local, antes de que Martín Palermo tocara el balón y antes de que Sebastián Battaglia expusiera sus virtudes como recuperador de juego, el Atlas se puso en ventaja en el marcador. En la tercera llegada al área del equipo mexicano contra ninguna del argentino, Diego Colotto metió el balón con su cabeza frente a la portería boquense, donde Flores se lanzó hacia adelante y con un cabezazo marcó el primer tanto del partido a los 5 minutos. Miguel Brindisi, el entrenador argentino del equipo de Jalisco, había avisado que sus jugadores saldrían al campo a buscar la victoria de entrada, y el planteamiento se cumplió con rédito inmediato frente a un Boca Juniors dubitativo, tibio, desconcentrado. Entonces el conjunto auriazul comenzó a cargar con una pesada mochila de necesidades. No le habían dejado tomar la iniciativa y de su lógica intención de buscar una diferencia en el marcador que le favoreciera en el choque de vuelta, pasó a jugar contra la adversidad. La emergencia le restó claridad y precisión en su reacción ofensiva, con una andanada de avances encabezados por Jesús Dátolo y Rodrigo Palacio que el Atlas interrumpía con algún que otro fallo en los dominios de su portero Jorge Bava. Un Boca insistente en ataque pero inexpresivo se había adueñado del balón y dominaba mientras que el conjunto mexicano esperaba la oportunidad para contraatacar, como a los 18 minutos, cuando Bruno Marioni se perdió el segundo tanto para los mexicanos con un remate de cabeza desviado. Pero en una de sus pocas apariciones en la primera parte, Riquelme, que demostró problemas físicos, dio un pase magistral a Palacio y éste lanzó un centro desde la derecha con el que el zaguero Ayala, en su intención de neutralizar a Palermo, marcó en propia meta a los 36. El empate le quedaba mejor al partido, pero Boca volvió a tener dificultades defensivas sobre el final de la primera parte con sucesivas llegadas al su área de su rival y con dos remates de Ulises Mendivil y Juan Carlos Medina. Salió de su letargo el Atlas tras el descanso, volvió a plantear el partido en la mitad del campo y el juego estuvo más lejos de las áreas. Riquelme y Palermo brillaban por sus ausencias, mientras que cerca del meta local Mauricio Caranta tomaba protagonismo Marioni poco a poco. La inexpresividad boquense quedó expresada en la mejor situación que tuvo Boca para volver a marcar a los 21 minutos, cuando Palacio, libre de marcajes y frente a la portería mexicana, se distrajo y le quitaron el balón. El equipo de Brindisi advirtió que su rival no creaba y tampoco inquietaba, con lo cual intentó aprovechar la situación para llevarse los tres puntos y la mitad de la clasificación a las semifinales. Hasta que Boca sacó un conejo de la chistera, el juvenil delantero Christian Chavez, que le dio mayor movilidad, dinámica y velocidad al equipo. Y en una jugada profunda Palermo cedió al paraguayo Cáceres, que marcó el tanto que daba la victoria parcial a los 'xeneizes' a los 75. El juego entonces se hizo de ida y vuelta, porque el Atlas dio lucha, buscó el empate y se abrió atrás. Mendivil remató fuera frente a Bava, un tiro de Riquelme dio en el palo y Palermo se perdió el tercer gol local con un taconazo desviado. El Atlas no se amilanó y con un remate de cabeza en el medio del área argentina Torres igualó a los 88. Fue justicia.