La división interna del movimiento comenzó en 2006, justamente en la primera campaña que hizo Correa para llegar al Gobierno. Había interés dentro del movimiento para presentar un candidato indígena como binomio de Correa, pero la dirigencia nacional optó finalmente por participar sin alianzas y lanzó a Luis Macas como candidato a la presidencia. El fracaso fue rotundo pues obtuvieron unos 100.000 votos, el 2,1% del total, y pasaron a ser la sexta fuerza política en el país. Rafael Correa, pese a todo, fue conciliador con el sector indígena y prueba de eso fue el nombramiento de Mónica Chuji, indígena de la nacionalidad quechua de Sarayaku (oriente del país), como Secretaría de Comunicación.

También quedó para la anécdota que Correa recibió el bastón de mando de parte de los indígenas de la localidad de Zumbahua (centro del país), donde había hecho trabajos comunitarios con los salesianos en los ochenta. Los presidentes Evo Morales y Hugo Chávez acompañaron a Correa durante aquella ceremonia.

Pero la separación entre los indígenas y el Gobierno se produjo cuando Correa empezó a criticar la protesta social. El detonante fue la detención y agresión policial de una veintena de personas que exigían obras viales para la localidad de Dayuma, en la provincia oriental de Orellana, de la que se extraen unos 40.000 barriles de petróleo por día. El Gobierno acusó a los manifestantes de sabotaje y terrorismo por tratar de bloquear el bombeo de petróleo e incluso culpó a la gobernadora de Orellana y miembro de Pachakutik, Guadalupe Llori.