Con los vínculos entre el paramilitarismo e importantes actores empresariales y políticos de Colombia, aún no completamente aclarados, la novela sobre el tema tenía la polémica garantizada. 

Pero su guionista, Gustavo Bolívar -el mismo detrás de las exitosas “Sin tetas no hay paraíso” y “El Capo”-, le dijo a BBC Mundo que nunca esperó que fueran precisamente las víctimas del paramilitarismo (en sus palabras: “La gente a la que quería beneficiar con la serie, hacer visibles”) las que se sintieran más agraviadas. 

En contra de “Tres Caínes”, sin embargo, también se han expresado personas descontentas con la forma en la que la serie explica el origen del paramilitarismo en el país, a partir de la historia personal de los hermanos Castaño. 

Los movimientos sociales piden que ya no se emita.