Sin embargo ideologías políticas de los gobernantes de turno originaron la desmembración territorial que dejó a los manabitas sin esta región, una de las más ricas del país, en la agricultura y ganadería.
Enrique Delgado Coppiano, historiador chonense, respaldándose en textos literarios, recordó que fue en la presidencia de Gabriel García Moreno en que se promulgó una ley para suprimir territorios de Manabí para anexarlos a Pichincha. “Ya desde entonces se jugaban determinados intereses de ciudadanos que fueron apoderándose de estas grandes extensiones de tierra”, sostuvo.

 la historia. Según Delgado en su primera administración presidencial García Moreno propició la reforma a la ley de división política y territorial del Ecuador, y el 29 de mayo de 1861 se desmembró del territorio de Manabí la comarca de Santo Domingo de los Colorados que pertenecía en esa época a la parroquia Chone del cantón Rocafuerte y se la adjudicó al cantón Quito, provincia de Pichincha.
Al separarse Ecuador de la Gran Colombia, el 13 de mayo de 1830, con la presidencia de Juan José Flores, fue designado primer gobernador de Manabí, el coronel Juan Antonio Muñoz.
En la Asamblea Nacional Constituyente, reunida en Riobamba  el 14 de agosto de 1830, el diputado Manuel Rivadeneira hizo una moción para que por decreto legislativo expedido el 28 del mismo mes se continúe con las demarcaciones cantonales ya conocidas de la Independencia hasta que el parlamento no dispusiera otra cosa. La ley colombiana lo único que aclaraba era que una parte de la cordillera andina perteneciera a Manabí y en esos días Santo Domingo formaba parte del territorio manabita.

 portoviejo fue provincia. En la actualidad pocos recuerdan que Portoviejo fue una de las primeras provincias de Ecuador.
Lo que hoy es Ecuador con el nombre del Departamento del Sur entró a formar parte de la Gran Colombia, fundada por Simón Bolívar, por eso al crearse las principales provincias de la nación, Bolívar crea la provincia de Portoviejo el 2 de agosto de 1822. Con la creación no se obtuvo personería jurídica de la provincia, pues  estaba regida por un juez político que obedecía al gobernador de Guayaquil.
Para ese entonces la provincia de Portoviejo poseía dos cantones:  Portoviejo y Montecristi; aunque la administración política de Manabí se opera en 1824 cuando el Congreso de Bogotá presidido por el general Francisco de Paula Santander promulgó la primera ley de división territorial de la Gran Colombia el 25 de junio de 1824, y se denomina provincia de Manabí en lugar de provincia de Portoviejo; designando a San Gregorio de Portoviejo como su capital.
Tras las creación de la provincia de Manabí su área territorial ascendía a 25 mil 620 kilómetros cuadrados aproximadamente, pero en 1825 pierde Atacames y en 1878 en el gobierno del general Veintimilla pierde a Muisne, que era el antiguo Mompiche, pues estas comarcas fueron anexadas a Esmeraldas. <