Es el brazo ejecutor de la Armada que tiene su sede en Guayaquil pero con una cobertura en toda la franja costera y en la región insular.
En Manta y Bahía de Caráquez la Armada cuenta con 6 embarcaciones  tipo interceptoras y a ellos se suma una lancha rápida que fue incautada y donada por la Fiscalía.
Esta embarcación fue incautada porque era utilizada en el narcotráfico.
Logística
Vera dijo que está en trámite la llegada de un barco oceánico guardacostas que tendrá como base esta provincia.
Vera recordó que la Armada ecuatoriana cuenta con satélites y seis aviones no tripulados con radares y elementos electro ópticos para el control del mar territorial.
Con estos equipos tecnológicos la Armada  podrá ubicar a las embarcaciones que se encuentren en cualquier actividad ilícita, manifestó el oficial.
A través de este sistema de monitoreo también se hacen controles del tráfico de personas y de combustible en alta mar y las actividades del narcotráfico.
Este sistema puede detectar  un contacto desconocido en cualquier punto, de allí los equipos reportarán al puerto base.
Con la información  una embarcación sale a interceptar este contacto.