El tribunal presidido por Duberlí Rodríguez, que colgó la sentencia en la página web, ratificó básicamente los aspectos jurídicos del fallo de primera instancia, con lo que Fujimori, de 71 años, tendrá que permanecer en la cárcel hasta febrero de 2032.

La decisión de los cinco magistrados fue unánime en el caso de los 25 asesinatos, pero dividida en cuanto a los secuestros, pues mientras la mayoría los mantuvo como agravados, la minoría buscaba reducirlos a simples. Esto, de todos modos, no hubiera tenido mayor impacto en la sentencia. Según trascendidos, esta última discrepancia fue lo que evitó que el fallo fuera anunciado el 31 de diciembre, como se especulaba. Los magistrados, al parecer, mantuvieron sus últimas reuniones en plenos días feriados. El fallo de primera instancia, dictado por un tribunal presidido por César San Martín, había hallado a Fujimori culpable de dos masacres perpetradas en 1991 y 1992.
En la primera murieron 15 personas que participaban en una fiesta en el centro de Lima y en la segunda un profesor y nueve alumnos de una universidad estatal. Las dos masacres fueron comprobadamente cometidas por el llamado Grupo Colina, una organización de militares que, según estableció el tribunal en el proceso, obraba con consentimiento del entonces presidente en el marco de una "guerra sucia" contra la subversión ultraizquierdista armada.
 Los secuestros fueron cometidos contra el periodista Gustavo Gorriti y el empresario Samuel Dyer, en el marco del "autogolpe" de Estado que dio Fujimori en 1992. La mayoría de analistas nacionales e internacionales coincidían en que la solidez del fallo de la sala de San Martín era tal que la segunda instancia difícilmente podría modificarla.
Según interpretaciones legales, los delitos cometidos por Fujimori son de lesa humanidad, por lo que no podrá ser beneficiado por amnistías o indultos, aunque esto se halle en la agenda de su hija Keiko en caso de que gane las elecciones presidenciales de 2011, para las que es candidata.
El ex mandatario, que durante años eludió a la Justicia peruana desde Japón, el otro país del que tiene nacionalidad, está preso en un cuartel policial de Lima desde 2007, cuando fue extraditado por Chile. Fujimori está además sentenciado a otras penas menores por corrupción, que pierden ahora efecto práctico, pues en el Perú las penas no son acumulativas y sólo se paga la mayor.