Para el efecto se nombró una comisión interinstitucional que estaba presidida por el gobernador de la provincia, la misma que debía elaborar un reglamento para el uso y administración de Ciudad Alfaro, cuyo atractivo principal es el museo y mausoleo en honor al ex presidente Eloy Alfaro. Con el transcurrir del tiempo el ente administrador ha variado en su estructura y el objetivo inicial también; pues, en decisión que aún no está muy clara, el gobierno ha dispuesto ocupar parte de la edificación con delegaciones de instituciones oficiales como el ministerio del Ambiente, de Cultura, las oficinas de Senplades, entre otras. De acuerdo con informaciones extraoficiales, pero fidedignas, las medidas tomadas obedecen a programación apurada, lo que ha generado cierta molestia en la burocracia afectada por la inseguridad de lo que va a hacer, con inconvenientes como el traslado, la alimentación, etc. que encarece su presencia y no sabe quién lo va a afrontar. Pero esta movilización, que se la está haciendo silenciosamente, también está causando inquietud en sectores de ciudadanía de la capital manabita, pues soterradamente se estarían llevando oficinas gubernamentales que tradicionalmente han laborado en Portoviejo por ser la capital, mermándole la funcionalidad de centro político que siempre ha mantenido. Es necesario, entonces, que las autoridades cantonales, las fuerzas vivas de Portoviejo, demanden explicaciones a las nacionales, empezando por el gobernador, para conocer cuáles son las intenciones del gobierno.