Como Comandante General de las Fuerzas Armadas, Paco Moncayo se puso al frente de la defensa del país, en el conflicto armado con el Perú
Estuvo al frente de las Fuerzas Armadas cuando se registró la caída del expresidente Abdalá Bucaram, del Partido Roldosista Ecuatoriano (PRE)
Renunció al servicio militar, porque cumplió el tiempo máximo en el Ejército. El mismo año es postulado para diputado del Congreso y gana con el auspicio de la Izquierda Democrática
Tercia para la Alcaldía de Quito con el respaldo de la Izquierda Democrática y logra la mayoría de votos. Luego, en el 2004, fue reelegido
Paco Moncayo renuncia a la Alcaldía de la capital del Ecuador. Entonces se postula para ser asambleísta, pero por el Movimiento Municipalista y gana las elecciones
Acepta ser candidato a la Presidencia por una coalición de centroizquierda denominada Acuerdo Nacional por el Cambio, con el auspicio jurídico de la Izquierda Democrática
