El Instituto de Posgrado de este centro de estudios superiores, dentro de las 24 maestrías que ofrece, merece destacar que 14 son de investigación básica o aplicada en distintas áreas del conocimiento, cifra que la ubica entre las universidades con  mayor número  de programas  de maestría  en el país.

Con estos eventos se reconoce la importancia de la investigación científica en la actividad universitaria. En  el desarrollo de estas maestrías se presentarán numerosos e importantes proyectos de investigación por parte de los alumnos maestrantes como requisito para su graduación. Temas que contribuirán a la resolución de problemas prioritarios de la misma universidad y de la comunidad en general. Otro beneficio  será nutrir de docentes investigadores a las distintas facultades de la UTM y de otras universidades del país  por considerarse deficitaria esta clase de docentes.  En  caso de pertenecer a otras instituciones públicas o privadas, su aporte en el  área  de trabajo será  muy provechosa  para dichas entidades.

Las 14  maestrías en investigación  comprenden las siguientes  áreas: Educación, Desarrollo Local, Gestión del Talento Humano,  Matemáticas, Prevención y Gestión de Riesgos, Ingeniería Química,  Mantenimiento Industrial,  Acuicultura, Tecnología de la Información, Optometría, Estadística Aplicada, Gerencia de la Calidad e Innovación, Mecánica y Enseñanza Básica, las dos últimas esperando la  resolución de aprobación  del  Consejo de Educación Superior. Las diez restantes maestrías son de tipo profesional y  las que iniciaron estos programas luego  de que la UTM recibiera  la autorización concordante  con su ascenso  de  categoría. Dentro de ellas se priorizó el campo de las ciencias agropecuarias, y se espera  ciertas  modificaciones legales  para ofertar   programas de doctorado también  en  agrociencias. 

Los futuros magisters en investigación serán valioso contingente intelectual para los institutos públicos de investigación, que por  ley exigen como título habilitante ser  investigadores para  desempeñar  sus  funciones. Será clave gestionar  con la Senescyt la homologación de   estos  títulos y los califique como acreditados y/o categorizados, y así constar en  su  registro nacional de investigadores.

Entre  las proyecciones  del Instituto de Posgrado está también   incorporar programas de  investigación  en ciencias agropecuarias. Un acierto  que  ayudaría a  dotar de  jóvenes investigadores debidamente capacitados al más antiguo y prestigioso instituto público de investigaciones del país  como es el  INIAP,  que debido  a  modificaciones   en la Ley del Servicio Público (LOSEP)  y problemas presupuestarios   sufre  interferencias que debilitan  los cambios generacionales  en sus programas y departamentos.