Según estudio realizado por el investigador y doctor del Instituto de Ecología de la Universidad Nacional Autónoma de México, Rodrigo Medellín, entre el 35 y el 45 % de las más de 250 millones de plantas de agave de Jalisco están afectadas por enfermedades de alta importancia que podrían hacer peligrar la supervivencia de esta especie y de la bebida que se elabora con ella.

El origen de estas afecciones graves que padece el agave podría surgir de una dolencia aparecida en los años 90 que estaría relacionada con las prácticas productivas llevadas a cabo con esta planta, las cuales impiden una diversidad genética.

Para las miles de hectáreas plantadas con agave, solamente se utilizan dos clones de una misma especie, la agave tequilana weber. Si no se inicia un proceso de diversidad genética que confiera un extra de resistencia a las plantas, la producción de agave podría peligrar en un corto periodo de tiempo y, con ella, la producción de tequila.