A través del Decreto Ejecutivo Nº 1.270, el mandatario cesa en el ejercicio de la función de Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas al vicealmirante Oswaldo Fabián Zambrano Cueva.  En lugar de Zambrano, designa en el cargo al teniente general César Merizalde Pavón, quien venía desempeñándose desde el 5 de febrero como comandante general de la Fuerza Aérea Ecuatoriana (FAE). 

Por medio del decreto Nº 1.271, el presidente cesa en sus funciones al comandante general de la Fuerza Naval, Fernando Noboa Rodas, y nombra al contraalmirante Carlos Vallejo Game. Pero, a través del decreto Nº 1.272, cesa a Vallejo Game y designa en su reemplazo a Carlos Ruiz Cornejo. 

Finalmente, con el decreto Nº 1.273 nombra al brigadier Patricio Mora Escobar como comandante general de la Fuerza Aérea en reemplazo de Merizalde. 

El único ratificado es el comandante general del Ejército, Luis Castro.