El programa se ha iniciado con un proyecto de preservación y catalogación de evidencias obtenidas de dos prospecciones arqueológicas realizadas en el centro histórico de Portoviejo, antigua ciudad colonial y espacio de influencia de las principales culturas aborígenes de la Costa actual del Ecuador. A criterio de la historiadora Tatiana Hidrovo, coordinadora del Archivo Histórico, esta reserva también guardará las evidencias extraídas de las distintas excavaciones arqueológicas que se realicen en el área central de Manabí. Además, está adecuada para acoger bienes de la región que la ciudadanía considere que deben ser salvaguardados. La arqueología colonial Según fuentes documentales, el asentamiento español fue fundado el 12 de marzo de 1535 cerca del borde costero de Portoviejo y movido varias veces al interior. En el 2006 se realizaron las dos primeras prospecciones arqueológicas en Portoviejo, la primera en las inmediaciones del parque Vicente Amador Flor y la otra en el patio de la Casa Flor, situado en las proximidades. La excavación del parque sugiere que éste y por lo menos el sector de la ciudad comprendido dos cuadras a su alrededor están sobre el sitio arqueológico colonial “ciudad vieja de San Gregorio” por lo menos desde finales del siglo XVI. En el subsuelo del parque se encontraron tempranas evidencias de que tempranamente existieron viviendas en el sitio. Sobre estas estructuras se encontraron materiales demostrativos de la cultura colonial, tales como cerámica y objetos de metal.