Así es. Las tropas españolas, luego de la conquista de territorios en México y en América Central,  avanzaron hacia el sur del continente  y en 1534 llegaron a las costas de lo que  es hoy  el Ecuador, desembarcando cerca de la desembocadura del río Portoviejo; y comandados por Pedro de Alvarado, se enfrentaron a aguerridos indios, a los que luego de cruentas batallas lograron vencer y asentarse en un extenso valle, en donde se fundó lo que es hoy Charapotó, denominándose a esta nueva conquista como Villa Hermosa de San Mateo de Charapotó. El nombre Charapotó se debió a la gran cantidad de calabazas (zapallos) sembrados por los indígenas en cuyas lenguas quiere decir “Criadero de calabazas”

Charapotó fue asentada por los Mayas en las faldas del cerro Centinela  con el nombre de Japoto,  que en su lengua aborigen significa “Llanura que se levanta poco a poco. y esa llanura se extendió hacia el interior, lo que llevo a los españoles a seguir su conquista, llegándose después a un valle más grande en donde Francisco Pacheco fundó lo que es hoy Portoviejo.

El territorio de Charapotó comprendía el valle regado por varios ríos, bosques y playas, lo que llevo a sus habitantes a dedicarse a la agricultura y a la pesca. Actualmente esas playas constituyen un gran atractivo turístico, siendo  la agricultura lo que más se ha destacado  con productos   como el arroz, verduras, legumbres, maíz, algodón, que se comercializan en todo el país.

Como consecuencia de la preparación cultural de los charapotenses  y por la dedicación al trabajo, Charapotó supo escalar posiciones en el concierto nacional. Un hijo de esta ciudad, el general Leonidas Plaza Gutiérrez, llegó a ser Presidente  del Ecuador, siendo con Eloy Alfaro Delgado los únicos manabitas que han llegado a la primera magistratura del país. Se destaca que 11 charapotenses han dirigido el Concejo de Sucre, cantón al que pertenece Charapotó, entre ellos, el primer presidente, Don Manuel Nevárez Aveiga,  en 1876; y el actual alcalde, Ing. Manuel Gilces Mero. Por otro lado, se tiene que al comienzo de la época republicana en Manabí existieron 3 cantones, Portoviejo, Montecristi y jipijapa. Charapotó perteneció como parroquia a Montecristi y comprendía su territorio Chone y Sucre.  En 1945 Charapotó pasó a ser parroquia de Bahía de Caráquez. 

Constituyendo Charapotó la primera fundación española en 1534 (antes que Quito y Guayaquil) se hace de justicia que la Asamblea Nacional emita una ley especial constituyendo a Charapotó en cantón autónomo e independiente, dejándose de lado cualquier disposición opositora, porque Charapotó se lo merece.