Quince personas murieron en el acto, y otras tres fallecieron en el hospital de la ciudad de Makindu, mientras eran tratados de sus heridas.
La colisión tuvo lugar alrededor de las 03.00, hora local (00.00 GMT) a la altura de la localidad de Kiambu, y provocó más de 50 heridos, muchos de los cuales han tenido que ser operados.
Los conductores de ambos autobuses perdieron la vida en el acto.
El accidente se produjo al adelantar el autobús que se dirigía a Mombasa a varios camiones.
En ese momento, el vehículo colisionó con el otro autobús implicado en el siniestro, que circulaba por su carril en dirección a Nairobi.
"Es como un acto suicida. ¿Por qué alguien puede querer adelantar en una situación así", dijo al diario "The Standard" Samuel Kimaru, de la Policía de tráfico.
Kimaru pidió prudencia a los conductores, especialmente en este período de vacaciones, en el que muchos kenianos viajan a Mombasa aprovechando el buen tiempo.
Según fuentes del hospital de Makindu, el centro se vio desbordado por la llegada de los heridos en el accidente, que ha obligado a los médicos a suspender una huelga.