Según Fundamedios, Cárdenas afirmó al portal ecuadorinmediato.com que es "evidente" que la organización Fundamedios ha hecho "intromisiones" involucrándose en la política nacional ecuatoriana y que la Ley es clara respecto a que "si las ONGs se salen de sus objetivos, tendrán que ser cerradas".
En el comunicado firmado por César Ricaurte, principal de Fundamedios,  también agrega: "Realmente sí hay esta denuncia. Fundamedios por ejemplo, (...) han hecho declaraciones que van a involucrarse en todo lo que es política". También calificó como un acto de "intromisión"los reportes sobre la situación de la libertad de expresión que expone Fundamedios ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH). En este sentido, aseguró que han estado investigando a la ONG. "El Presidente lo ha denunciado, nos pone en alerta para seguir investigando acerca de la labor de las organizaciones que reciben fondos de USAID. Hay una intromisión en las cosas", dijo.
Además la organización agrega que rechaza las declaraciones de Cárdenas “señalando que se ha iniciado una investigación a Fundamedios y que incluso ya existe un informe terminado.” Por lo cual advierte que el eventual cierre “constituiría un acto ilegal y arbitrario, que representaría una gravísima vulneración de los derechos ciudadanos”.