Los vínculos entre las fuerzas armadas y los escuadrones paramilitares han sido denunciados en repetidas ocasiones por organizaciones defensoras de derechos humanos. En muchas regiones, los paramilitares eran vistos como aliados del ejército en su lucha contra las guerrillas de izquierda. Los nexos entre los paramilitares y algunas autoridades colombianas han salpicado al gobierno de Uribe que afronta una crisis política por decisiones judiciales que afectan a 11 congresistas de la coalición oficialista y al ex jefe de la policía secreta Jorge Noguera. El presidente aseguró que quien haya tenido nexos con los grupos paramilitares debe “ser condenado como individuo y no puede afectar la institución del Congreso, ni la institución de la justicia, ni al Ejecutivo, ni a las Fuerzas Militares y de Policía”.