Autoridades del PNM señalaron que esa es una de las razones por la que se debe proteger el área reservada natural. La ausencia de invierno acelera la muerte de la vegetación, por lo que proponen concienciar a la ciudadanía para el uso adecuado de las 38 mil hectáreas del PNM. Otro factor para la desertización de la reserva natural es la presencia de ganado que deambula libremente en el PNM. Aunque ha bajado la presencia de las reses. El ecosistema tiene procesos de desertización por falta de invierno y se puede recuperar con la colaboración ciudadana. La reserva natural tiene 2.300 hectáreas de matorral desértico y 2.700 de monte espinoso. De bosque seco natural hay 4.500 hectáreas. Pero en el PNM hay problema de deforestación, porque en la comunidad de Agua Blanca se persiste en la elaboración del carbón. También, en la parte alta de la cuenca del río Ayampe existe la tala de árboles por la venta de madera. La falta de vehículos y guardaparques en el PNM es un factor negativo para controlar este problema en la zona sur manabita.