Durante 8 meses los restauradores trabajaron en el cambio parcial de la estructura, tratamiento de la estructura antigua contra las polillas y la humedad, en la parte frontal se hizo cambio de piso y se puso uno de piedra, el cambio de las columnas en la que se recuperó el estilo ochavado (de 8 ángulos iguales) antiguo. Además, se retiró las hojas de zinc dañadas para quitarle la pintura, enderezarla, desoxidarlos, taparle los orificios, hacerle el injerto y ubicar una nueva capa de pintura. De la cubierta se cambió todas las piezas de madera y zinc en mal estado. En la parte interna de la casa museo sólo se realizó el arreglo del desprendimiento de piezas madereras y se cubrió el enlucido en mal estado. Las laboras comenzaron a finales de julio del 2008, después que el Ministerio Coordinador de Patrimonio Natural y Cultural del país firmara un contrato con César Augusto Mantilla Navarrete. Los trabajos de restauración de la casa museo Eloy Alfaro estaban dentro del plan de obras emergentes del Ministerio del Patrimonio y se invirtieron cerca de 180 mil dólares. Asimismo, con dinero del Ministerio de Patrimonio se instaló alarma contra robo e incendio.